MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. UK-1 chromosome

Total Repeats: 13251

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016863	AT	3	6	55	60	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016863	CAG	2	6	64	69	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_016863	AGAC	2	8	153	160	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
4	NC_016863	ACA	2	6	181	186	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_016863	A	6	6	274	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_016863	T	9	9	303	311	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016863	AAC	2	6	331	336	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_016863	GTG	2	6	5063	5068	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016863	A	7	7	5925	5931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_016863	CGC	2	6	5932	5937	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_016863	TTG	2	6	7409	7414	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_016863	ATG	2	6	7454	7459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016863	GGT	2	6	7507	7512	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016863	CGT	2	6	7600	7605	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_016863	ATC	2	6	7609	7614	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_016863	CTGT	2	8	8667	8674	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_016863	CCTTC	2	10	8675	8684	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_016863	AAT	2	6	8723	8728	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_016863	TAG	2	6	9335	9340	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_016863	TCC	2	6	9347	9352	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_016863	GGA	2	6	9360	9365	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016863	ATC	2	6	9955	9960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_016863	ATA	2	6	10018	10023	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016863	TAA	2	6	10052	10057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016863	GAAAA	2	10	10062	10071	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016863	TCTTT	2	10	11323	11332	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016863	TTA	2	6	11333	11338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_016863	ATTTA	2	10	11365	11374	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016863	TCTG	2	8	11390	11397	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
30	NC_016863	A	6	6	11424	11429	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_016863	T	6	6	11430	11435	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016863	TGA	2	6	11447	11452	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016863	GTG	2	6	11487	11492	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016863	A	8	8	11499	11506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_016863	TTA	2	6	11541	11546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016863	ATG	2	6	11562	11567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_016863	TTC	2	6	14754	14759	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_016863	T	6	6	14781	14786	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016863	TTG	2	6	14835	14840	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_016863	CAG	2	6	14878	14883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_016863	A	7	7	14905	14911	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016863	GTGAT	2	10	14913	14922	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016863	T	6	6	14938	14943	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016863	TAT	2	6	14971	14976	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016863	T	7	7	14986	14992	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016863	ATG	2	6	16002	16007	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_016863	CCT	2	6	16023	16028	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
48	NC_016863	ATT	2	6	16056	16061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016863	T	6	6	16479	16484	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_016863	TATTG	2	10	17577	17586	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016863	ATT	2	6	17613	17618	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016863	GTT	2	6	17705	17710	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016863	GTT	2	6	17729	17734	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_016863	ATC	2	6	17758	17763	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_016863	GAT	2	6	17770	17775	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016863	T	6	6	17792	17797	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016863	CCA	2	6	20032	20037	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_016863	TTA	2	6	23167	23172	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_016863	TCTTAA	2	12	23204	23215	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_016863	TTAT	2	8	23266	23273	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_016863	AT	3	6	24057	24062	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016863	GTT	2	6	24117	24122	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016863	ACA	2	6	24196	24201	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_016863	GAT	2	6	24233	24238	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016863	TAA	2	6	24260	24265	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016863	TAA	2	6	24267	24272	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_016863	ACG	2	6	24307	24312	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_016863	AAG	2	6	24354	24359	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_016863	T	7	7	24364	24370	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016863	GAA	2	6	24400	24405	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016863	CAG	2	6	24410	24415	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_016863	A	6	6	24426	24431	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_016863	T	7	7	25026	25032	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016863	CG	3	6	25065	25070	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_016863	GT	3	6	33042	33047	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
76	NC_016863	ATA	2	6	33135	33140	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_016863	T	6	6	33147	33152	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_016863	T	6	6	33155	33160	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_016863	T	6	6	33187	33192	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016863	CAT	2	6	33202	33207	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_016863	TTTTA	2	10	33212	33221	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016863	TAA	2	6	33256	33261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_016863	GTG	2	6	33301	33306	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016863	ATG	2	6	33328	33333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016863	CCAG	2	8	33347	33354	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_016863	ATA	3	9	34850	34858	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016863	T	6	6	34904	34909	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016863	ATCGT	2	10	34919	34928	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016863	ATG	2	6	34938	34943	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016863	T	6	6	34945	34950	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016863	ATTTT	2	10	34963	34972	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016863	TAG	2	6	34996	35001	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_016863	TGAT	2	8	35033	35040	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016863	TTG	2	6	35044	35049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_016863	AAT	2	6	35056	35061	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_016863	A	6	6	35094	35099	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_016863	TAG	2	6	35153	35158	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016863	TTTTA	2	10	35224	35233	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_016863	ATT	2	6	35235	35240	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_016863	TTG	2	6	35254	35259	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016863	TGT	2	6	35293	35298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016863	TCA	2	6	38755	38760	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_016863	ATTA	2	8	38766	38773	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016863	TGT	2	6	39568	39573	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_016863	AAG	2	6	39577	39582	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016863	TGT	2	6	39673	39678	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016863	TTA	2	6	39679	39684	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016863	TGT	2	6	39718	39723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016863	AAT	2	6	39769	39774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016863	AT	3	6	39832	39837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016863	T	7	7	39905	39911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016863	AT	3	6	39947	39952	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016863	AAT	2	6	39981	39986	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_016863	GAA	2	6	40012	40017	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016863	AT	5	10	40034	40043	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016863	AATT	2	8	40049	40056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016863	AT	3	6	40090	40095	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016863	AAT	2	6	41629	41634	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_016863	A	6	6	41638	41643	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016863	GTA	2	6	42917	42922	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016863	TAAAA	2	10	44192	44201	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016863	TGA	2	6	44206	44211	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016863	GTT	2	6	44215	44220	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
124	NC_016863	ATC	2	6	46035	46040	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_016863	TGAC	2	8	46043	46050	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_016863	A	6	6	46057	46062	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_016863	A	6	6	46091	46096	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_016863	TCA	2	6	46105	46110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_016863	TA	3	6	46111	46116	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_016863	TAG	2	6	46151	46156	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_016863	GAA	2	6	46161	46166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_016863	GA	3	6	46178	46183	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
133	NC_016863	GA	3	6	47412	47417	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016863	TACC	2	8	48322	48329	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_016863	AAC	2	6	51863	51868	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_016863	ATT	2	6	51895	51900	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016863	AGTA	2	8	51938	51945	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
138	NC_016863	AGT	2	6	51960	51965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016863	ATCA	2	8	51978	51985	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_016863	ATT	2	6	51986	51991	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016863	TTA	2	6	52014	52019	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016863	GGT	2	6	52052	52057	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016863	T	6	6	52063	52068	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016863	GAAA	2	8	52098	52105	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016863	AGGG	2	8	52131	52138	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016863	A	6	6	52146	52151	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_016863	A	7	7	52228	52234	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_016863	CTT	2	6	52608	52613	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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150	NC_016863	GTG	2	6	57257	57262	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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153	NC_016863	GTC	2	6	58845	58850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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157	NC_016863	A	6	6	63501	63506	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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184	NC_016863	T	7	7	75484	75490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_016863	GTT	2	6	75562	75567	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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187	NC_016863	GTT	2	6	75572	75577	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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276	NC_016863	AT	3	6	116192	116197	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
277	NC_016863	AAT	2	6	116204	116209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
278	NC_016863	GGC	2	6	116224	116229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_016863	GAGT	2	8	116234	116241	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
280	NC_016863	ATA	2	6	116654	116659	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
281	NC_016863	TAAA	2	8	116680	116687	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
282	NC_016863	TCG	2	6	116707	116712	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_016863	CT	3	6	116717	116722	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
284	NC_016863	TAATT	2	10	116726	116735	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_016863	ATTTT	2	10	116752	116761	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_016863	CGGGTG	2	12	116768	116779	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
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288	NC_016863	AG	3	6	121342	121347	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016863	CAGG	2	8	121364	121371	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
290	NC_016863	AATGCT	2	12	121394	121405	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
291	NC_016863	TCA	2	6	121546	121551	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
292	NC_016863	GTC	2	6	121582	121587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
293	NC_016863	TCT	2	6	121611	121616	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
294	NC_016863	G	6	6	121626	121631	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
295	NC_016863	ATG	2	6	122495	122500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
296	NC_016863	TCA	2	6	122584	122589	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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298	NC_016863	GC	4	8	126769	126776	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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431	NC_016863	CTG	2	6	184158	184163	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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471	NC_016863	T	6	6	185693	185698	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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476	NC_016863	CTATA	2	10	189360	189369	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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481	NC_016863	CT	3	6	189963	189968	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
482	NC_016863	T	6	6	190059	190064	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
483	NC_016863	T	6	6	190077	190082	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
484	NC_016863	TTA	2	6	190088	190093	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
485	NC_016863	TTGA	2	8	190135	190142	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
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487	NC_016863	GTG	2	6	194188	194193	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_016863	GAAT	2	8	200709	200716	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding

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